อาหารที่ใช้เลี้ยงโปรไบโอติกส์ ชนิดที่ได้รับการยอมรับว่าดีที่สุดคือพืชที่มีใยอาหารกลุ่มอินูลิน (Inulin) และฟรุคโตโอลิโกแซคคาไรด์ (Fructo oligosaccharides, FOS) ปริมาณสูง พืชที่มีใยอาหารกลุ่มนี้สูงและได้รับการยอมรับมากคือรากชิโครี (Chicory root) ซึ่งเป็นพืชเมืองหนาวขายกันในราคาแพง ในประเทศไทยไม่มีพืชกลุ่มนี้แต่มีสิ่งที่ดีกว่าโดยแถวภาคอีสานมีพืชชนิดหนึ่งที่มีลักษณะเป็นรากไม้เรียกว่า แก่นตะวัน หรือ Jerusalem artichoke (Helianthus tuberosus L.) บางครั้งเรียกว่าทานตะวันหัวเพราะมีดอกคล้ายทานตะวัน ส่วนที่นำมาบริโภคคือหัวหรือรากใต้ดินที่เรียกกันว่าแห้วบัวตองมีลักษณะคล้ายหัวข่า พบใยอาหารร้อยละ 2 โดยในใยอาหารเป็นอินูลินสูงถึงร้อยละ 76 ดังนั้นคิดจะกินอาหารประเภทพรีไบโอติกส์ดีที่สุดสำหรับประเทศไทยคือรากแก่นตะวันหรือแห้วบัวตอง มีงานวิจัยหลายชิ้นยืนยันว่ารากแก่นตะวันดีกว่ารากชิโครีเสียด้วยซ้ำ ทั้งยังมีวิตามินบี 1 กับโปตัสเซียมสูงอีกต่างหาก
พืชอีกชนิดหนึ่งที่มีสารอาหารประเภทพรีไบโอติกส์ที่ค่อนข้างดีคือกระเทียม โดยในใยอาหารของกระเทียมมีอินูลินอยู่ร้อยละ 11 และมี FOS อยู่ร้อยละ 6 มีรายงานวิจัยพบว่ากระเทียมเป็นอาหารที่ทำให้แบคทีเรียกลุ่ม Bifidobacteria เติบโตได้ดี กระเทียมไม่ได้มีดีแค่หัวกระเทียมซึ่งเป็นรากใต้ดินเท่านั้น แต่กระเทียมต้น (Leek) หรือต้นกระเทียมนับเป็นผักที่มีสารพรีไบโอติกส์สูง นั่นคือในใยอาหารที่พบในกระเทียมต้นมีอินูลินสูงถึงร้อยละ 16 เพียงแต่มันมีใยอาหารน้อยกว่าในหัวกระเทียมเท่านั้น คู่กับกระเทียมคือหัวหอมซึ่งใยอาหารของหัวหอมมีอินูลินอยู่ร้อยละ 10 และมี FOS อยู่ร้อยละ 6 พอๆกับกระเทียม ข้อดีของหัวหอมอีกส่วนหนึ่งคือมันมีสารต้านอนุมูลอิสระที่ชื่อว่าเกอเซติน (quercetin) ค่อนข้างสูง
พืชผักที่พบได้ในบ้านเราที่มีสารอาหารกลุ่มพรีไบโอติกส์สูงยังมีอีกหลายประเภทอย่างเช่น แอสปารากัสซึ่งมีอินูลินร้อยละ 2-3 ของน้ำหนักผัก นอกจากนี้กล้วยดิบหรือกล้วยห่ามมีใยอาหารประเภท resistant starch หรือแป้งที่ย่อยไม่ได้อยู่ในปริมาณไม่น้อย สารอาหารพวกนี้นับเป็นพรีไบโอติกส์เช่นกัน พืชอีกชนิดหนึ่งที่มีมากในบ้านเราคือหัวบุกหรือ Konjac ซึ่งมีใยอาหารที่มีชื่อว่า glucomannan ถึงร้อยละ 40 หัวบุกที่ว่านี้นับเป็นใยอาหารประเภทพรีไบโอติส์ที่นับว่าดี พืชประเภทรากไม้ที่มีวางขายในบ้านเราอีกชนิดหนึ่งมาจากญี่ปุ่นชื่อโกโบ (Burdock root) ในรากมีใยอาหารร้อยละ 4 และส่วนใหญ่เป็นอินูลินและ FOS สุดท้ายคือกินอาหารให้หลากหลายเข้าไว้ บริโภคพืชผักที่สะอาดให้มาก เชื่อได้เลยว่าจะทำให้แบคทีเรียในลำไส้แข็งแรงมากขึ้น
